Gaussian Kullanım Kılavuzu

UHeM sitesinden
Atla: kullan, ara



Gaussian Grubu

Gaussian programını kullanabilmek için mutlaka gaussian grubunun bir üyesi olmalısınız. Bu grubun üyesi olup, olmadığınızı id komutu ile öğrenebilirsiniz:

$ id ahmet
uid=902(ahmet) gid=336(workshop) groups=336(workshop),103(gaussian)


Burada ahmet kullanıcısının gaussian grubuna üye olduğu görülüyor. Eğer sizin kullanıcınız için id komutunun çıktısında (gaussian) ifadesi gözükmüyorsa sistem destek ekibimize başvurarak bu gruba üye yapılmanızı istemelisiniz.

Gaussian ve Linda

Gaussian programını kullanmak için öncelikle kaç çekirdek (CPU,işlemci) kullanmak istediğinize karar vermelisiniz. Mesela 16 çekirdek kullanmak isteyelim. İkinci olarak Gaussian programının hangi sunucu grubunda çalıştırılacağına karar vermelisiniz. Geri kalan bilgileri bizim scriptimiz dolduracaktır. Lutfen girdi (com/gfj) dosyanıza %mem,%nprocshared ve %nproclinda değerlerini yazmayınız. Eğer dosyanıza yine de bu değerleri yazarsanız, %nprocshared ve %nproclinda değerleriniz silinecek, ancak %mem değeriniz korunacaktır.


Örnek lsf dosyası

Lütfen aşağıdaki örnek '.lsf' dosyasını kullanınız. Bu dosyayı sistemimizde /RS/progs/lsf_betikleri/gaussian.lsf adresinde bulabilirsiniz. Bu dizinden kendi dizininize kopyalıyarak kullanınız:

#!/bin/bash
# -----------------------------------------------------------------
# UYBHM sisteminde Gaussian/Linda calistirmak icin hazirlanmistir.
# Version : v2.1 --- 02/10/2013
# -----------------------------------------------------------------
#BSUB -a linda            # bu kismi degistirmeyin !!!
#
#
# -----------------------------------------------------------------
#  bsub parametrelerinin ayarlanmasi, 
#  bu satirlaridaki degerleri durumunuza uygun olanlarla degistiriniz
# -----------------------------------------------------------------
#BSUB -P hsaiat           # uybhm tarafindan verilen proje adi yazilacak
#BSUB -J Gauss_v2.1       # bjobs ile gozukecek is adi
#BSUB -o %J.out           # LSF ciktilari dosyasi adi
#BSUB -e %J.err           # LSF hata ciktisi dosyasi adi
#BSUB -q short            # short, long, mid, vlong olabilecek kuyruk ismi
#BSUB -n 16               # Kullanacaginiz toplam cekirdek sayisi
#BSUB -m ege              # Kullanilacak sunucu grubu adini yaziniz
                          # ARTIK _w yazmaniza gerek yok.
 
 
# -----------------------------------------------------------------
#  Asagidaki satirlari degistirmeyiniz.
# -----------------------------------------------------------------
g09root=/RS/progs
GAUSS_SCRDIR=$PWD
export g09root GAUSS_SCRDIR
. $g09root/g09/bsd/g09.profile
LINDA=/RS/progs/g09/g09
 
# -----------------------------------------------------------------
#  Asagidaki satira hazirladiginiz girdi (*com/*gjf) dosyasinin adini yaziniz
# Girdi dosyaniza %mem,%nprocshared,%nproclinda degerlerini yazMAyiniz!
# -----------------------------------------------------------------
export girdi=deneme.com
 
 
# -----------------------------------------------------------------
#  Asagidaki satirlari degistirmeyiniz.
# LSF'ten sunucu adlarini alip gaussian'a veriyor
# -----------------------------------------------------------------
eval `/RS/progs/g09ayarla $girdi`
export GAUSS_LFLAGS='-nodelist "'"$nodeListesi"'" -opt "Tsnet.Node.lindarsharg: ssh"'
${LINDA} ${PWD}/${GirdiDosyasi}


Örnek '.com' dosyası

Yukaridaki lsf scriptti girdi dosyalarına (com/gjf) %mem,%nprocshared ve %nproclinda değerlerini otomatik olarak dolduracak şekilde yenilenmiştir. Artık gjf/com dosyalarınıza %mem,%nprocshared ve %nproclinda değerlerini yazmayınız!

#pm3
 
gyujy
 
0 1
h
o 1 1.1
h 2 1.1 1 104.0


Yeni com/gfj dosyası oluşmasını önlemek

Bu betik ile her iş çalıştırdığınızda com/gfj dosyanızın JobXXX. ile başlayan değiştirilmiş bir kopyası oluşturulur. Böylece orijinal com/gfj dosyanız hiç değişmediğinden güvende kalır. Betik bu dosyaya dokunmadan çalışır.


Ancak bunun yerine orijinal com/gfj dosyanızın değiştirilmesi istiyorsanız, yukarıdaki betikte "LINDA=/RS/progs/g09/g09" satırının altına aşağıdaki ifadeyi ekleyiniz:

export G09_MODIFY_COM_GJF="YES"


Maslak Kümesinde Gaussian Çalıştırmak

Maslak kümesinde gaussian işi çalıştırmak için aşağıdaki Slurm için Gaussian Betiğini kullanabilirsiniz. Bu betiği mlogin makinasında /RS/progs2/slurm_betikleri/gaussian.sh adresinde bulabilirsiniz:


#!/bin/bash
# -----------------------------------------------------------------
# UYBHM sisteminde Gaussian/Linda calistirmak icin hazirlanmistir.
# Version : v2.2-Slurm --- 23/02/2016
# -----------------------------------------------------------------
 
#SBATCH -J "GAUSS"                       # isin adi
 
#SBATCH -A hsaat                         # account / proje adi
 
#SBATCH -n 16                            # cekirdek / islemci sayisi
#SBATCH -N 1                             # bilgisayar sayisi
 
 
 
# -----------------------------------------------------------------
#  Asagidaki satira hazirladiginiz girdi (*com/*gjf) dosyasinin adini yaziniz
# Girdi dosyaniza %mem,%nprocshared,%nproclinda degerlerini yazMAyiniz!
# -----------------------------------------------------------------
export girdi=deneme.com
 
 
 
 
# -----------------------------------------------------------------
#  Asagidaki satirlari degistirmeyiniz.
# -----------------------------------------------------------------
g09root=/RS/progs
GAUSS_SCRDIR=$PWD
export g09root GAUSS_SCRDIR
. $g09root/g09/bsd/g09.profile
LINDA=/RS/progs/g09/g09
 
# -----------------------------------------------------------------
#  Asagidaki satirlari degistirmeyiniz.
# SLURM'den sunucu adlarini alip gaussian'a veriyor
# -----------------------------------------------------------------
eval `/RS/progs2/g09ayarla/g09ayarla $girdi`
export GAUSS_LFLAGS='-nodelist "'"$nodeListesi"'" -opt "Tsnet.Node.lindarsharg: ssh"'
${LINDA} ${PWD}/${GirdiDosyasi}


Maslak kümesinde iş çalıştırmak için gerekli bilgileri Maslak sistemine iş vermek sayfasında bulabilirsiniz.


Sarıyer Kümesinde Gaussian Çalıştırmak

Sarıyer kümesinde gaussian işi çalıştırmak için aşağıdaki Slurm için Gaussian Betiğini kullanabilirsiniz. Bu betiği sariyer makinasında /okyanus/progs/slurm_betikleri/gaussian.sh adresinde bulabilirsiniz:


#!/bin/bash
# -----------------------------------------------------------------
# UYBHM sisteminde Gaussian/Linda calistirmak icin hazirlanmistir.
# Version : v2.2-Slurm --- 23/02/2016
# -----------------------------------------------------------------
 
#SBATCH -J "GAUSS"                       # isin adi
 
#SBATCH -A hsaat                         # account / proje adi
 
#SBATCH -n 16                            # cekirdek / islemci sayisi
#SBATCH -N 1                             # bilgisayar sayisi
 
 
 
# -----------------------------------------------------------------
#  Asagidaki satira hazirladiginiz girdi (*com/*gjf) dosyasinin adini yaziniz
# Girdi dosyaniza %mem,%nprocshared,%nproclinda degerlerini yazMAyiniz!
# -----------------------------------------------------------------
export girdi=deneme.com
 
 
 
 
# -----------------------------------------------------------------
#  Asagidaki satirlari degistirmeyiniz.
# -----------------------------------------------------------------
g09root=/RS/progs
GAUSS_SCRDIR=$PWD
export g09root GAUSS_SCRDIR
. $g09root/g09/bsd/g09.profile
LINDA=/RS/progs/g09/g09
 
# -----------------------------------------------------------------
#  Asagidaki satirlari degistirmeyiniz.
# SLURM'den sunucu adlarini alip gaussian'a veriyor
# -----------------------------------------------------------------
eval `/okyanus/progs/g09ayarla/g09ayarla $girdi`
export GAUSS_LFLAGS='-nodelist "'"$nodeListesi"'" -opt "Tsnet.Node.lindarsharg: ssh"'
${LINDA} ${PWD}/${GirdiDosyasi}


Sarıyer kümesinde iş çalıştırmak için gerekli bilgileri Sarıyer sistemine iş vermek sayfasında bulabilirsiniz.