Lammps Kullanım Kılavuzu

UHeM sitesinden
Atla: kullan, ara

Bizim sistemimizi kullanabilmeniz için lammps programını aşağıdaki betikte uygun değişiklikleri yaparak kullanabilirsiniz. Lütfen değiştirmeyiniz yazan bölümleri değiştirmeyiniz.


BSUB Betik Dosyası

Sistemimize uygun bir '.lsf' dosyası aşağıda gösterilmiştir. Bu dosyayı /RS/progs/lsf_betikleri/lammps.lsf dizininde bulabilirsiniz:

#!/bin/bash
#!/bin/bash
# -----------------------------------------------------------------
# UYBHM sisteminde Lammps calistirmak icin hazirlanmistir.
# Version : v1.2 --- 24/12/2014
# -----------------------------------------------------------------
#BSUB -a intelmpi             # bu kismi degistirmeyin !!!
#
 
# -----------------------------------------------------------------
#  bsub parametrelerinin ayarlanmasi,
#  bu satirlaridaki degerleri durumunuza uygun olanlarla degistiriniz
# -----------------------------------------------------------------
 
#BSUB -P workshop		# UHeM tarafindan verilen proje adi yazilacak
#BSUB -J lammps     		# bjobs ile gozukecej is adi
#BSUB -o %J.out     		# LSF ciktilari dosyasi adi
#BSUB -e %J.err      		# LSF hata ciktisi dosyasi adi
#BSUB -q mid		 	# short, long, mid, vlong olabilecek kuyruk ismi
#BSUB -m karadeniz	    	# Kullanilacak sunucu grubu adini yaziniz
#BSUB -n 128      		# Kullanacaginiz toplam cekirdek sayisi
 
# -----------------------------------------------------------------
# Asagidaki satiri degistirmeyiniz !!!
source /RS/progs/lammps/lammps-11Sep14_2_gnu/ENVARS.sh
#
# -----------------------------------------------------------------
# Asagidaki satira girdi dosyasinin adini yaziniz
export INPUT=6pBD-CO2.in
 
# -----------------------------------------------------------------
# Asagidaki satiri degistirmeyiniz !!!
# -----------------------------------------------------------------
mpirun.lsf $LAMMPSEXE < $INPUT