Rosetta 3.4 Kullanım Kılavuzu

UHeM sitesinden
Atla: kullan, ara
  • Sistemimizde Rosetta 3.4 ile çalışabilmek için aşağıdaki satırı /RS/users/kullanici.adi dizinindeki .bashrc dosyasına eklemeniz gerekmektedir.
source /RS/progs/rosetta/3.4_gcc_openmpi/ENVARS
  • Daha sonra aşağıdakine benzer bir LSF iş dosyası oluşturup Rosetta deneylerinizi çalıştırabilirsiniz.
#!/bin/bash
#BSUB -q KULLANACAGINIZ_KUYRUK
#BSUB -m SUNUCU_ISMI
#BSUB -a openmpi
#BSUB -P PROJE_ADINIZ
#BSUB -n ÇEKIRDEK_SAYISI
#BSUB -J ISLEM_ADI
#BSUB -e %J.err
#BSUB -o %J.out
 
source /RS/progs/rosetta/3.4_gcc_openmpi/ENVARS
 
# Bu satırda mpirun.lsf ifadesinden sonra kullanacağınız programı yazmalısınız.
# "benchmark.mpi.linuxgccrelease" örnek olarak kullanılmıştır.
mpirun.lsf benchmark.mpi.linuxgccrelease
  • LSF dosyanızı oluşturduktan sonra işinizi bsub komutuyla sisteme verebilirsiniz.
bsub < LSF_DOSYANIZ.lsf