Turbomole Kullanım Kılavuzu

UHeM sitesinden
Atla: kullan, ara

Bizim sistemimizi kullanabilmeniz için turbomole programını birden fazla sunucuda çalışabilecek şekilde ayarlamalısınız. Bunun için özelikle BSUB -n satırında kaç çekirdek (CPU,işlemci) yazdı isek, PARNODES= satırına da aynı değeri girmeliyiz. Aşağıdaki .lsf betiğini bu amaçla kullanabilirsiniz. Lütfen değiştirmeyiniz yazan bölümleri değiştirmeyiniz.


BSUB Betik Dosyası

Sistemimize uygun bir '.lsf' dosyası aşağıda gösterilmiştir:

#!/bin/bash
# -----------------------------------------------------------------
# UYBHM sisteminde Turbomole calistirmak icin hazirlanmistir.
# Version : v2.0 --- 02/04/2013
# -----------------------------------------------------------------
#BSUB -a intelmpi            # bu kismi degistirmeyin !!!
#
#
# -----------------------------------------------------------------
#  bsub parametrelerinin ayarlanmasi, 
#  bu satirlaridaki degerleri durumunuza uygun olanlarla degistiriniz
# -----------------------------------------------------------------
#BSUB -P hsaiat           # uybhm tarafindan verilen proje adi yazilacak
#BSUB -J C16              # bjobs ile gozukecek is adi
#BSUB -o %J.out           # LSF ciktilari dosyasi adi
#BSUB -e %J.err           # LSF hata ciktisi dosyasi adi
#BSUB -q short            # short, long, mid, vlong, v.b. olabilecek kuyruk ismi
#BSUB -n 16               # Kullanacaginiz toplam cekirdek sayisi, PARNODES ile ayni olmali
#BSUB -m ege_w            # Kullanilacak sunucu grubu adini yaziniz
                          # (başka boş gruba gitmesin istiyorsaniz _w ekleyerek)
 
# -----------------------------------------------------------------
#  Asagidaki PARNODES degerini BSUB -n ile ayni sayiya ayarlayiniz
# -----------------------------------------------------------------
export PARNODES=16
 
 
# -----------------------------------------------------------------
#  Asagidaki satirlari degistirmeyiniz.
# -----------------------------------------------------------------
export HOSTS_FILE="${PWD}/Hostfile.${$}"
echo $LSB_HOSTS | tr -s " " "\n" >${HOSTS_FILE}
 
export TURBODIR=/RS/progs/TURBOMOLE
PATH=$PATH:$TURBODIR/scripts
PATH=$PATH:$TURBODIR/bin/`$TURBODIR/scripts/sysname`
export PARA_ARCH=MPI
 
 
# -----------------------------------------------------------------
#  Asagidaki satira hazirladiginiz isinizi yaziniz
# -----------------------------------------------------------------
echo 'Starting time:'
date
#jobex -ri -level cc2 -energy 7 -gcart 4 -c 1000
jobbsse
echo 'Ending time:'
date