×
Yeni bir madde oluştur
Sayfa başlığınızı buraya yazın:
We currently have 15 articles on UHeM Wiki. Type your article name above or create one of the articles listed here!



    UHeM Wiki
    15Maddeler

    Gaussian Kullanım Kılavuzu


    Gaussian ve ITU Grupları

    Gaussian '09 programını kullanabilmek için mutlaka gaussian grubunun bir üyesi olmalısınız. Gaussian '16 programının kullanımı ise, itu grubu üyeleri ile sınırlıdır.

    Bir grubun üyesi olup, olmadığınızı id komutu ile öğrenebilirsiniz:

    $ id ahmet
    uid=902(ahmet) gid=336(workshop) groups=336(workshop),103(gaussian)
    


    Burada ahmet kullanıcısının gaussian grubuna üye olduğu görülüyor. Eğer sizin kullanıcınız için id komutunun çıktısında (gaussian) ifadesi gözükmüyorsa sistem destek ekibimize başvurarak bu gruba üye yapılmanızı istemelisiniz.


    Gaussian ve Linda

    Gaussian '09 programını kullanmak için öncelikle kaç çekirdek (CPU,işlemci) kullanmak istediğinize karar vermelisiniz. Mesela 16 çekirdek kullanmak isteyelim. İkinci olarak Gaussian programının hangi sunucu grubunda çalıştırılacağına karar vermelisiniz. Geri kalan bilgileri bizim scriptimiz dolduracaktır. Lutfen girdi (com/gfj) dosyanıza %mem,%nprocshared ve %nproclinda değerlerini yazmayınız. Eğer dosyanıza yine de bu değerleri yazarsanız, %nprocshared ve %nproclinda değerleriniz silinecek, ancak %mem değeriniz korunacaktır.

    UHeM'de kurulu olan Gaussian '16 sürümü, LINDA içerMEmektedir.


    Örnek '.com' dosyası

    Yukaridaki lsf scriptti girdi dosyalarına (com/gjf) %mem,%nprocshared ve %nproclinda değerlerini otomatik olarak dolduracak şekilde yenilenmiştir. Artık gjf/com dosyalarınıza %mem,%nprocshared ve %nproclinda değerlerini yazmayınız!

    #pm3
    
    gyujy
    
    0 1
    h
    o 1 1.1
    h 2 1.1 1 104.0
    


    Yeni com/gfj dosyası oluşmasını önlemek

    Bu betik ile her iş çalıştırdığınızda com/gfj dosyanızın JobXXX. ile başlayan değiştirilmiş bir kopyası oluşturulur. Böylece orijinal com/gfj dosyanız hiç değişmediğinden güvende kalır. Betik bu dosyaya dokunmadan çalışır.


    Ancak bunun yerine orijinal com/gfj dosyanızın değiştirilmesi istiyorsanız, yukarıdaki betikte "LINDA=/RS/progs/g09/g09" satırının altına aşağıdaki ifadeyi ekleyiniz:

    export G09_MODIFY_COM_GJF="YES"
    


    Sarıyer Kümesinde Gaussian '09 Çalıştırmak

    Sarıyer kümesinde Gaussian '09 işi çalıştırmak için aşağıdaki Slurm için Gaussian Betiğini kullanabilirsiniz. Bu betiği sariyer makinasında /okyanus/progs/slurm_betikleri/gaussian.sh adresinde bulabilirsiniz:


    #!/bin/bash
    # -----------------------------------------------------------------
    # UYBHM sisteminde Gaussian/Linda calistirmak icin hazirlanmistir.
    # Version : v2.2-Slurm --- 23/02/2016
    # -----------------------------------------------------------------
    
    #SBATCH -J "GAUSS"                       # isin adi
    
    #SBATCH -A hsaat                         # account / proje adi
    
    #SBATCH -n 16                            # cekirdek / islemci sayisi
    #SBATCH -N 1                             # bilgisayar sayisi
    
    
    
    # -----------------------------------------------------------------
    #  Asagidaki satira hazirladiginiz girdi (*com/*gjf) dosyasinin adini yaziniz
    # Girdi dosyaniza %mem,%nprocshared,%nproclinda degerlerini yazMAyiniz!
    # -----------------------------------------------------------------
    export girdi=deneme.com
    
    
    
    
    # -----------------------------------------------------------------
    #  Asagidaki satirlari degistirmeyiniz.
    # -----------------------------------------------------------------
    g09root=/RS/progs
    GAUSS_SCRDIR=$PWD
    export g09root GAUSS_SCRDIR
    . $g09root/g09/bsd/g09.profile
    LINDA=/RS/progs/g09/g09
    
    # -----------------------------------------------------------------
    #  Asagidaki satirlari degistirmeyiniz.
    # SLURM'den sunucu adlarini alip gaussian'a veriyor
    # -----------------------------------------------------------------
    eval `/okyanus/progs/g09ayarla/g09ayarla $girdi`
    export GAUSS_LFLAGS='-nodelist "'"$nodeListesi"'" -opt "Tsnet.Node.lindarsharg: ssh"'
    ${LINDA} ${PWD}/${GirdiDosyasi}
    



    Sarıyer Kümesinde Gaussian '16 Çalıştırmak

    Sarıyer kümesinde gaussian '16 işi çalıştırmak için aşağıdaki Slurm için Gaussian Betiğini kullanabilirsiniz. Bu betiği sariyer makinasında /okyanus/progs/slurm_betikleri/gaussian.sh adresinde bulabilirsiniz:


    #!/bin/bash
    # -----------------------------------------------------------------
    # UYBHM sisteminde Gaussian/Linda calistirmak icin hazirlanmistir.
    # Version : v0.1-Slurm --- 11/07/2017
    # -----------------------------------------------------------------
    
    #SBATCH -J "GAUSS"                       # isin adi
    
    #SBATCH -A hsaat                         # account / proje adi
    
    #SBATCH -n 28                            # cekirdek / islemci sayisi
    #SBATCH -N 1                             # bilgisayar sayisi
    
    
    source /okyanus/progs/gaussian/g16/bsd/g16.sariyer.profile
    
    # -----------------------------------------------------------------
    # Asagidaki satirda, girdi (*com/*gjf) dosyasinin adini degistiriniz
    # Kullanilacak islemci sayisi (%nprocshared) ve bellek miktari (%mem)
    # icin varsayilan degerler, isin calisacagi sunucuya gore otomatik
    # olarak belirlenecektir.
    # -----------------------------------------------------------------
    
    g16 deneme.com
    


    Sarıyer kümesinde iş çalıştırmak için gerekli bilgileri Sarıyer sistemine iş vermek sayfasında bulabilirsiniz.



    Altay Kümesinde Gaussian '16 Çalıştırmak

    Altay kümesinde gaussian '16 işi çalıştırmak için aşağıdaki Slurm için Gaussian Betiğini kullanabilirsiniz. Bu betiği Altay makinasında /ari/progs/slurm_betikleri/gaussian.sh adresinde bulabilirsiniz:


    #!/bin/bash
    # -----------------------------------------------------------------
    # UYBHM sisteminde Gaussian/Linda calistirmak icin hazirlanmistir.
    # Version : v0.1-Slurm --- 11/07/2017
    # -----------------------------------------------------------------
    
    #SBATCH -J "GAUSS"                       # isin adi
    
    #SBATCH -A hsaat                         # account / proje adi
    
    #SBATCH -n 128                            # cekirdek / islemci sayisi
    #SBATCH -N 1                             # bilgisayar sayisi
    
    
    source /ari/progs/gaussian/g16/bsd/g16.altay.profile
    
    # -----------------------------------------------------------------
    # Asagidaki satirda, girdi (*com/*gjf) dosyasinin adini degistiriniz
    # Kullanilacak islemci sayisi (%nprocshared) ve bellek miktari (%mem)
    # icin varsayilan degerler, isin calisacagi sunucuya gore otomatik
    # olarak belirlenecektir.
    # -----------------------------------------------------------------
    
    g16 deneme.com
    


    Altay kümesinde iş çalıştırmak için gerekli bilgileri Altay sistemine iş vermek sayfasında bulabilirsiniz.