Gaussian ve ITU Grupları
Gaussian '09 programını kullanabilmek için mutlaka gaussian grubunun bir üyesi olmalısınız. Gaussian '16 programının kullanımı ise, itu grubu üyeleri ile sınırlıdır.
Bir grubun üyesi olup, olmadığınızı id komutu ile öğrenebilirsiniz:
$ id ahmet
uid=902(ahmet) gid=336(workshop) groups=336(workshop),103(gaussian)
Burada ahmet kullanıcısının gaussian grubuna üye olduğu görülüyor. Eğer sizin kullanıcınız için id komutunun çıktısında (gaussian) ifadesi gözükmüyorsa sistem destek ekibimize başvurarak bu gruba üye yapılmanızı istemelisiniz.
Gaussian ve Linda
Gaussian '09 programını kullanmak için öncelikle kaç çekirdek (CPU,işlemci) kullanmak istediğinize karar vermelisiniz. Mesela 16 çekirdek kullanmak isteyelim. İkinci olarak Gaussian programının hangi sunucu grubunda çalıştırılacağına karar vermelisiniz. Geri kalan bilgileri bizim scriptimiz dolduracaktır. Lutfen girdi (com/gfj) dosyanıza %mem,%nprocshared ve %nproclinda değerlerini yazmayınız. Eğer dosyanıza yine de bu değerleri yazarsanız, %nprocshared ve %nproclinda değerleriniz silinecek, ancak %mem değeriniz korunacaktır.
UHeM'de kurulu olan Gaussian '16 sürümü, LINDA içerMEmektedir.
Örnek '.com' dosyası
Yukaridaki lsf scriptti girdi dosyalarına (com/gjf) %mem,%nprocshared ve %nproclinda değerlerini otomatik olarak dolduracak şekilde yenilenmiştir. Artık gjf/com dosyalarınıza %mem,%nprocshared ve %nproclinda değerlerini yazmayınız!
#pm3
gyujy
0 1
h
o 1 1.1
h 2 1.1 1 104.0
Yeni com/gfj dosyası oluşmasını önlemek
Bu betik ile her iş çalıştırdığınızda com/gfj dosyanızın JobXXX. ile başlayan değiştirilmiş bir kopyası oluşturulur. Böylece orijinal com/gfj dosyanız hiç değişmediğinden güvende kalır. Betik bu dosyaya dokunmadan çalışır.
Ancak bunun yerine orijinal com/gfj dosyanızın değiştirilmesi istiyorsanız, yukarıdaki betikte "LINDA=/RS/progs/g09/g09" satırının altına aşağıdaki ifadeyi ekleyiniz:
export G09_MODIFY_COM_GJF="YES"
Sarıyer Kümesinde Gaussian '09 Çalıştırmak
Sarıyer kümesinde Gaussian '09 işi çalıştırmak için aşağıdaki Slurm için Gaussian Betiğini kullanabilirsiniz. Bu betiği sariyer makinasında /okyanus/progs/slurm_betikleri/gaussian.sh adresinde bulabilirsiniz:
#!/bin/bash
# -----------------------------------------------------------------
# UYBHM sisteminde Gaussian/Linda calistirmak icin hazirlanmistir.
# Version : v2.2-Slurm --- 23/02/2016
# -----------------------------------------------------------------
#SBATCH -J "GAUSS" # isin adi
#SBATCH -A hsaat # account / proje adi
#SBATCH -n 16 # cekirdek / islemci sayisi
#SBATCH -N 1 # bilgisayar sayisi
# -----------------------------------------------------------------
# Asagidaki satira hazirladiginiz girdi (*com/*gjf) dosyasinin adini yaziniz
# Girdi dosyaniza %mem,%nprocshared,%nproclinda degerlerini yazMAyiniz!
# -----------------------------------------------------------------
export girdi=deneme.com
# -----------------------------------------------------------------
# Asagidaki satirlari degistirmeyiniz.
# -----------------------------------------------------------------
g09root=/RS/progs
GAUSS_SCRDIR=$PWD
export g09root GAUSS_SCRDIR
. $g09root/g09/bsd/g09.profile
LINDA=/RS/progs/g09/g09
# -----------------------------------------------------------------
# Asagidaki satirlari degistirmeyiniz.
# SLURM'den sunucu adlarini alip gaussian'a veriyor
# -----------------------------------------------------------------
eval `/okyanus/progs/g09ayarla/g09ayarla $girdi`
export GAUSS_LFLAGS='-nodelist "'"$nodeListesi"'" -opt "Tsnet.Node.lindarsharg: ssh"'
${LINDA} ${PWD}/${GirdiDosyasi}
 | Önemli Uyarı!
Bu lsf scripttin eski halinde (v1.0) önemli bir hata var. Eskisi düzgün çalışmadığından MUTLAKA aşağıdaki yeni hali (v2.1) kullanılmalıdır! |
| Bu lsf scriptti girdi dosyalarına (com/gjf)
%mem,%nprocshared ve %nproclinda değerlerini otomatik olarak dolduracak şekilde yenilenmiştir. Artık gjf/com dosyalarınızı nerede çalışacağını önemsemeden hazırlayabilirsiniz! |
Sarıyer Kümesinde Gaussian '16 Çalıştırmak
Sarıyer kümesinde gaussian '16 işi çalıştırmak için aşağıdaki Slurm için Gaussian Betiğini kullanabilirsiniz. Bu betiği sariyer makinasında /okyanus/progs/slurm_betikleri/gaussian.sh adresinde bulabilirsiniz:
#!/bin/bash
# -----------------------------------------------------------------
# UYBHM sisteminde Gaussian/Linda calistirmak icin hazirlanmistir.
# Version : v0.1-Slurm --- 11/07/2017
# -----------------------------------------------------------------
#SBATCH -J "GAUSS" # isin adi
#SBATCH -A hsaat # account / proje adi
#SBATCH -n 28 # cekirdek / islemci sayisi
#SBATCH -N 1 # bilgisayar sayisi
source /okyanus/progs/gaussian/g16/bsd/g16.sariyer.profile
# -----------------------------------------------------------------
# Asagidaki satirda, girdi (*com/*gjf) dosyasinin adini degistiriniz
# Kullanilacak islemci sayisi (%nprocshared) ve bellek miktari (%mem)
# icin varsayilan degerler, isin calisacagi sunucuya gore otomatik
# olarak belirlenecektir.
# -----------------------------------------------------------------
g16 deneme.com
Sarıyer kümesinde iş çalıştırmak için gerekli bilgileri Sarıyer sistemine iş vermek sayfasında bulabilirsiniz.
| Önemli Uyarı!
Sarıyer Kümesinde kullandığınız makinaların tüm işlemcilerini size ayırır. 1 makina = 28 işlemci olduğundan, verdiniz işlemci sayısı 1 olsa da 28 işlemci meşgul etmiş olursunuz ve size 28 işlemci fatura edilir. 32 işlemci isterseniz, 2 makina = 56 işlemci faturalanır. Bu sebeble 28 ve katları işlemci istemeniz en doğrusudur. |
Altay Kümesinde Gaussian '16 Çalıştırmak
Altay kümesinde gaussian '16 işi çalıştırmak için aşağıdaki Slurm için Gaussian Betiğini kullanabilirsiniz. Bu betiği Altay makinasında /ari/progs/slurm_betikleri/gaussian.sh adresinde bulabilirsiniz:
#!/bin/bash
# -----------------------------------------------------------------
# UYBHM sisteminde Gaussian/Linda calistirmak icin hazirlanmistir.
# Version : v0.1-Slurm --- 11/07/2017
# -----------------------------------------------------------------
#SBATCH -J "GAUSS" # isin adi
#SBATCH -p defq # kuyruk
#SBATCH -A hsaat # account / proje adi
#SBATCH -n 128 # cekirdek / islemci sayisi
#SBATCH -N 1 # bilgisayar sayisi
# -----------------------------------------------------------------
# Eger GAUSS_SCRDIR degiskenini elle ayarlamazsaniz otomatik
# olarak /YEREL diskini kullanir.
# -----------------------------------------------------------------
source /ari/progs/gaussian/g16/bsd/g16.altay.profile
# -----------------------------------------------------------------
# Asagidaki satirda, girdi (*com/*gjf) dosyasinin adini degistiriniz
# Kullanilacak islemci sayisi (%nprocshared) ve bellek miktari (%mem)
# icin varsayilan degerler, isin calisacagi sunucuya gore otomatik
# olarak belirlenecektir.
# -----------------------------------------------------------------
g16 deneme.com
# -----------------------------------------------------------------
# Eger Gecici dosyalari YEREL diskinden almak istiyorsaniz asagidaki
# Satirin basindaki # diyez isaretini kaldirin.
# -----------------------------------------------------------------
# \cp -r $GAUSS_SCRDIR ./GAUSSIAN-SCRATCH-$SLURM_JOB_ID
Altay kümesinde iş çalıştırmak için gerekli bilgileri Altay sistemine iş vermek sayfasında bulabilirsiniz.
| Önemli Uyarı!
Altay kümesinde Linda kurulu değildir; bu yüzden Gaussian 16 işlerinizi sadece 1 makinada çalıştırınız. |