MATLAB Kullanım Kılavuzu

Sariyer Kümesinde MATLAB Yazılımını Komut Arabiriminden Çalıştırmak

Merkezimizdeki sariyer kümesinde kurulu bulunan MATLAB yazılımı 9.1 (R2016b) ve 9.3 (R2017b) sürümleridir ve lisansımız aşağıdaki gibidir:

MATLAB:  20 licenses

MATLAB_Distrib_Comp_Engine:  128 licenses

SIMULINK:  10 licenses

GADS_Toolbox:  20 licenses

Image_Toolbox:  10 licenses

Compiler:  10 licenses

Optimization_Toolbox:  20 licenses

Distrib_Computing_Toolbox:  10 licenses

PDE_Toolbox:  10 licenses

Symbolic_Toolbox:  10 licenses

İlk satırdaki lisans matlab kodumuzun paralel çalışması için gereken lisansdır ve görüleceği üzere 128 adet lisansımız mevcuttur. Yani en fazla 20 program ve tümünün toplamı 128 işlemciye kadar matlab işi çalıştırılabilmektedir. Ayrıca sadece yukarıda lisansta gözüken toolbox'lar kullanılabilir. Diğer toolbox'lar lisans olmadığından kullanılamaz.

Tek makinada Matlab çalıştırmak

Matlab programı (.m uzantılı program dosyası) çalıştırmak için gereken iş dosyası aşağıdaki gibidir. Bu betiği sariyer makinasında /okyanus/progs/slurm_betikleri/matlab-R2016b.sh ve /okyanus/progs/slurm_betikleri/matlab-R2017b.sh adresinde bulabilirsiniz:

#!/bin/bash
#SBATCH -A hsaat                               # account / proje adi
#SBATCH -n 28                                  # cekirdek / islemci sayisi
#SBATCH -N 1                                   # makina sayisi / ilave ayar yapmadikca mutlaka 1 olmali
#SBATCH -L matlab@flex5,matlabpar@flex5:28     # lisans isteniyor, buradaki sayi kullanilan cekirdek sayisi ile ayni olmali
 
module load MATLAB/R2016b
 
matlab -nodisplay -nosplash < ./programimiz.m

Yukarıdaki örnekte makina sayısı kullanıcı mutlaka 1 olmalıdır. Dolayısı ile bu ayar yapılmazsa, en fazla 1 makinada 28 işlemci (longq kuyruğunda 24 işlemci) kullanacak iş çalıştırılabilir. Daha fazla makina kullanımı aşağıda ayrı bir bölümde anlatılmıştır.

Aşağıda bir paralel matlab programı örnek olarak verilmiştir. Bu program http://hpcf.umbc.edu/other-packages/how-to-run-matlab-programs-on-maya sitesinden alınarak değiştirilmiştir. Ayrıca MATLAB dökümantasyonunada http://www.mathworks.com/help/pdf_doc/distcomp/distcomp.pdf adresinden ulaşabilirsiniz:

UHeM = parcluster('local');
poolobj = parpool(UHeM,28);
spmd
    msg = sprintf('Hello world from process %d of %d', labindex, numlabs);
end
 
for i=1:poolobj.NumWorkers
    disp(msg{i});
end
delete(poolobj);

Birden çok makinada Matlab çalıştırmak

Birden çok makinada Matlab programı (.m uzantılı program dosyası) çalıştırmak için gereken iş dosyası aşağıdaki gibidir. Bu betiği sariyer makinasında /okyanus/progs/slurm_betikleri/matlab-R2016b-multinode.sh ve /okyanus/progs/slurm_betikleri/matlab-R2017b-multinode.sh adresinde bulabilirsiniz. Aşağıdaki betikte servisleri başlatmak için verilen R2016b ifadesi, R2017b sürümü için R2017b şeklinde olacaktır:

#!/bin/bash
#SBATCH -A hsaat                               # account / proje adi
#SBATCH -n 56                                  # cekirdek / islemci sayisi
#SBATCH -N 2                                   # makina sayisi / ilave ayar yapmadikca mutlaka 1 olmali
#SBATCH -L matlab@flex5,matlabpar@flex5:56     # lisans isteniyor, buradaki sayi kullanilan cekirdek sayisi ile ayni olmali
 
module load MATLAB/R2016b
#MATLAB servisleri aciliyor, asagidaki satiri degistirmeyiniz:
/okyanus/progs/matlabAyarla/matlab_servisleri_baslat.sh R2016b

 
matlab -nodisplay -nosplash < ./programimiz.m


#MATLAB servisleri aciliyor, asagidaki satiri degistirmeyiniz:
/okyanus/progs/matlabAyarla/matlab_servisleri_durdur.sh R2016b

Yukarıdaki örnekte matlab servislerinin açılması ve kapanması oldukça uzun zaman almaktadır, bu sebeble işiniz gerçekten gerektirmedikce yukarıdaki 1 makina için olan betiği kullanınız.

Aşağıda bir paralel matlab programı örnek olarak verilmiştir. Bu program http://hpcf.umbc.edu/other-packages/how-to-run-matlab-programs-on-maya sitesinden alınarak değiştirilmiştir. Ayrıca MATLAB dökümantasyonunada http://www.mathworks.com/help/pdf_doc/distcomp/distcomp.pdf adresinden ulaşabilirsiniz:

profile_UHeM = parallel.importProfile('matlab-UHeM');
UHeM = parcluster(profile_UHeM);

poolobj = parpool(UHeM,56);
spmd
    msg = sprintf('Hello world from process %d of %d', labindex, numlabs);
end
 
for i=1:poolobj.NumWorkers
    disp(msg{i});
end
delete(poolobj);

Sariyer Kümesinde Grafik Arabirimle Matlab Çalıştırmak

Grafik arabirimle Matlab çalıştırmak için öncelikle x2go client yazılımını kendi bilgisayarımıza kurmalıyız. Gerekli açıklamaları Sariyer Kümesine İş Vermek sayfasında bulabilirsiniz.

Sonrasında grafik arayüzle matlab çalıştırmak için gereken işlemler, Sariyer Kümesinde Grafik Arabirim Kullanarak İnteraktif İş Çalıştırmak sayfasında anlatılmıştır.